1923. a asutati Tallinnas Nõmmel jalgpalliklubi Kalju, mis tegutses edukalt kuni II maailmasõja alguseni. Kalju asutajateks olid kaks elukutselist maadlejat Aleksander Šneider ja Mart Liiv, tegutseti Hiiu staadionil.

Nõmme jalgpalliklubi Kalju jätkas vahepeal katkenud tegevust 1997. a, mil hakati mängima Eesti meistrivõistluste IV liigas. Taasasutajad olid Eesti rahvuskoondise treener Uno Piir ja Õhtulehe noorte jalgpalliklubi president Anton Siht ning Värner Lootsmann.

2002. a liitus Kaljuga selle praegune president Kuno Tehva ja eesmärgiks võeti professionaalse jalgpalliklubi loomine.

2007. a alistati Meistriliiga üleminekumängudes FC Kuressaare ning Nõmme Kalju esindusmeeskond tõusis Eesti meistriliigasse.

2008. a seati eesmärgiks Eesti meistritiitli saavutamine
 5 aasta jooksul ning noorte jalgpalli igakülgne arendamine.

2012 krooniti Nõmme Kalju esindusmeeskond Eesti meistriks, võideti FIFA Fair Play auhind ning Nõmme Kalju valiti Tallinna elanike poolt Tallinna aasta meeskonnaks. Noorteliigades osales kokku 24 Nõmme Kalju noortevõistkonda ja noorte U-17 Eliitliigas tuli Nõmme Kalju järelkasvumeeskond Eesti noortemeistriks.

2013 liigahooaja lõpetas Nõmme Kalju hõbemedaliga, tehes eduka hooaja Euroopas, alistades Meistrite Liiga eelringis HJK Helsinki ning samuti mängiti Tšehhi klubi Viktoria Plzeňi ja Ukraina hiiu Dnipro Dnipropetrovskiga, kellele tuli alla vanduda. Kalju järelkasvumeeskond Nõmme Kalju II võitis kindla eduga Esiliiga B ning tõusis Esiliigasse, Eesti jalgpalli tugevuselt teisele astmele.

2014 Premium liiga hooaja lõpetas Nõmme Kalju esindusmeeskond neljandal kohal. Eesti karikasarjas võitis Kalju kõik oma avaringide mängud ning jätkab kevadel järgmiste kohtumistega. Edukas hooaeg tehti suvel UEFA Euroopa Liigas, kus avaringis alistati Islandi karikavõitja Reykjaviki Fram. Järgmises ringis alustati võimsalt, alistades Kadrioru staadionil Poola suurklubi Lech Poznan 1:0. Kokkuvõttes pääses siiski edasi Poznan, kes kodufännide ees kokkuvõttes võidu teenis.

Nõmme Kalju oli hooajal 2014 noorte meistrivõistlustel esindatud 19 noortevõistkonda, käesoleval 2015. Aastal osaleb noorte meistrivõistlustel 23 võistkonda. Nõmme Kalju Jalgpallikoolis õppis aasta lõpu seisuga 600 last 18 tipptreeneri käe all.

Hooajal 2013 Esiliiga B võitnud ja sellega pääsu aste kõrgemale, Esiliigasse teeninud Nõmme Kalju II tegi eduka debüüthooaja, lõpetades neljandal kohal. Kalju II on esindusmeeskonnale järelkasvuvõistkonnaks, kus said karastust mitmed perspektiivikad noormängijad.

2015 hooaja eredaim päev Nõmme Kalju jalgpalliklubi jaoks oli kahtlemata 30. mai, kui klubi ajaloos esmakordselt Evald Tipneri karikas peakohale tõsteti. UEGA Euroopa Liigas oldi tänavu Eesti edukaim klubi, edenedes ainsana avaringist edasi. Kalju alistas kahe mängu kokkuvõttes Kasahstani edukiama klubi FC Aktobe. Hooaja miinimumeesmärgid said täidetud: klubi lõpetas hooaja kolmandal kohal, kindlustas pääsu UEFA Euroopa Liigasse ning endiselt ollakse konkurentsis karikasarjas.